강화도는 한국 천주교회 초기부터 깊은 연관을 맺고 있다. 1795년 조선 최초 선교사로 입국한 신부가 철종의 조모 손씨(은언군의 처)와 며느리 신씨에게 세례를 준 것이 조정에 알려져, 왕족이었던 이들은 1801년 신유박해 때 순교하게 된다. 이로 인해 강화도는 19세기 후반 한국역사에서 동서양의 사상과 문화가 만나 첨예한 갈등을 빚은 곳으로 상징되는 곳이기도 하다.

이후 1839년 기해박해가 시작되면서 천주교가 유입될 때 이용되던 육로 통행이 여의치 않게 되자, 1845년 5월 1일 김대건 신부는 페레올 고 주교의 명으로 선교사를 비밀리 입국시키는 해로를 개척하기 위해 서울 마포를 떠나 강화 갑곶 앞바다까지 오게되었다. 그 후로도 1856년 베르뇌 장주교와 쁘띠니꼴라 신부, 쁘르띠에 신부, 1857년 페롱 권 신부 등이 비밀리에 입국한 요로가 되었다.

1866년 병인박해로 강화도에서 수 많은 신자들이 순교하였다. 1868년 프랑스 선교사를 입국시키는데 협력한 최인서, 장치선 회장과 박서방(박순집의 형), 조서방 등이 서울 포청에서 옥살이를 하다 강화 병영지 진무영으로 호송되어 효수당하게 된다. 1866년 대동강에서 통상을 요구하던 미국 상선 제네럴 셔먼호가 불에 타 침몰하는 사건이 일어났다. 이는 대원군이 천주교를 박해하는 빌미로 삼았고, 이후 미국은 1871년 강화도를 공격하였는데, 이를 신미양요라고 한다. 특히 갑곶나루터는 당시 많은 신자들의 목을 베어 말뚝에 달아매는 효수터가 되었다. 이때 미국 함대에 왕래한 박상손, 우윤집, 최순복(링크) 등이 첫 번째로 잡혀가 이곳 갑곶진두에서 효수되었다.

인천교구 순교자현양위원회는 문헌상 갑곶진두의 정확한 위치를 찾아 지금의 갑곶순교성지를 조성하였다. 이후 2001년 9월에는 순교자들의 행적증언자이며 인천교구 역사의 증인인 박순집 베드로(링크)의 유해를 성지 내에 안장하고, 이후 사제를 파견하여 순례자들의 신심을 돕고 있다.

[주보성인] 2014년 9월 19일 갑곶순교성지에서 '부평지구 순교자현양대회'가 교구장 故 최기산(보니파시오)주교와 사제단의 공동집전으로 봉헌되었다. 이날 미사에서 교구장님은 교황님이 직접 주례하신 시복식의 복자 윤지충 바오로와 동료 순교자 123위 중 인천 출신의 심조이 바르바라와 이 안나를 갑곶순교성지의 주보성인으로 선포하였다.